Principales líneas de investigación

  • Caracterización de metagenomas en las aguas profundas y sedimentos del Golfo de México.

 

  • Caracterización de bacterias y genes involucrados en la degradación de hidrocarburos mediante estudios metatranscripcionales y de secuenciación de bacterias completas.

 

  • Estudios de metagenomas y metatranscriptomas de ambientes extremos a fin de encontrar genes o microorganismos con aplicaciones biomédicas y biotecnológicas.

 

  • Estudio de microbiomas asociados a invertebrados marinos, principalmente a esponjas marinas, para estudiar las interacciones bacteria-eucariontes tanto desde una aproximación ecológica, como biotecnológica.

 

  • Micobiomas de mamiferos marinos y su relación con la dieta.

Para la mayor parte de estos estudios usamos técnicas de secuenciación masiva o secuenciación de última generación, que nos permiten obtener millones de secuencias a partir de una muestra ambiental, secuenciar uno o varios transcriptomas o secuenciar genomas pequeños de manera muy rápida. Todos estos datos deben ser analizados con la ayuda de programas bioinformáticos que nos permiten interpretar los resultados obtenidos

Proyectos

Dentro del Megaproyecto del CIGoM (Consorcio de Investigación del Golfo de México)  participamos  en dos de las Líneas (L2 y L4) con 3 proyectos principales:

Estudio de los metatranscriptomas de ambientes asociados a emanaciones de hidrocarburos

La actividad petrolera existente en el Golfo de México, aunque de enorme importancia económica no está exenta de accidentes que causan profundos daños ambientales y económicos. La contaminación por hidrocarburos tiene como consecuencia la mortalidad masiva de muchas especies como ocurrió en las playas más afectadas por el derrame del petrolero Prestige en el 2005 y, más recientemente como consecuencia de la explosión de la plataforma Deepwater Horizon en 2010. La respuesta de los microorganismos a los derrames de petróleo en el mar depende de numerosos factores, como composición química del petróleo, su grado de descomposición y las condiciones ambientales y todavía no se tiene mucha información de cómo es está respuesta o que organismos están mejor adaptados a estoy ambientes.

                  Con este proyecto nos planteamos  estudiar los metatranscriptomas de comunidades que están en áreas de emisión natural de hidrocarburos (chapapoteras), usando técnicas de secuenciación de última generación (RNAseq).  Estudiando los niveles de expresión génica para descubrir qué genes están adaptados a los ambientes con emanación natural de petróleo comparado con aquellos de  áreas sin estas emanaciones. Estudiando estas respuestas de manera global y utilizando las técnicas más punteras podremos encontrar genes y/o rutas metabólicas directamente involucrados en la degradación hidrocarburos, cuantificarlos y entender el grado de adaptación de la comunidad y ver si hay diferencias en como estas funcionan y ver si alguna de estas bacterias pueden ser utilizadas en procesos de biorremediación en caso de accidente.

 

Exploración de la biodiversidad y del potencial biotecnológico de las comunidades microbianas asociadas a esponjas marinas en Cabo Pulmo, mediante tecnologías de vanguardia” Fideicomiso CICESE, 2015. Feb 2016-Ago 2018

Metagenomics@CICESE

Lago-Lestón Lab