Artículos

Raimundo I., Silva R., Meunier L., Valente S.M., Lago-Lestón A., Keller-Costa T. and Costa R. Evidence for specificity of chitin-degrading microbiomes across free-living and host-associated marine biotopes. Submitted to Microbiome

 

Keller-Costa T, Lago-Lestón A, Saraiva JP, Toscan RB; Silva SG, Gonçalves J, Cox CJ, Kyrpides N, Nunes da Rocha U, Costa R. Functional and taxonomic signatures of the octocoral microbiome in healthy and diseased tissue. Submitted to Microbiome

 

Chong-Robles J, Martínez-Porchas  M, Magdaleno-Moncayo D, Ariza F,  Lago-Lestón A. (2019) An alternative and compatible cleaning strategy during Illumina library preparation for shotgun sequencing of metagenomic-DNA. Submitted to Journal of Microbiology.

 

Lago-Lestón A, Gaibay-Valdez E., Chong-Robles J, Vargas-Albores F, Magdaleno-Moncayo D, Cortes E, Martínez-Porchas M. (2019) A simple PCR method for difficult-to-amplify samples used for high throughput sequencing of the 16S rRNA gene.  Submitted to Biotecnia.

 

Martínez-Porchas M, Lafarga-De la Cruz F, Aguilera F, Cicala F, Lago-Lestón A. (2019) Water microbiota is not affected by stocking density of the yellowtail kingfish (Seriola lalandi) in a recirculation system. Under review in Aquaculture Research.

 

Cicala F, Lago-Lestón A, Gomez-Gil B, Chong-Robles J, Cortés-Jacinto E, Martínez-Porchas M. Gut microbiota shifts in the giant tiger shrimp, Penaeus monodon, during postlarvae, juvenile and adult stages. Accepted in Aquaculture.

Marques  M, Godinho Silva S., Borges N., Nunes da Rocha U., Lago-Lestón A., Keller-Costa Tina, Costa R. Metagenome-Assembled Genome Sequences of Three Uncultured Planktomarina sp. Strains from the North-East Atlantic Ocean. Microbiology Resource Announcements 2020 9 (12): e00127-20. DOI: 10.1128/MRA.00127-20 s.

Garibay-Valdez E., Calderón K., Vargas- Albores F., Lago-Lestón A., Martínez-Córdova L.R. and Martínez- Porchas M. (2019). Functional Metagenomics for Rhizospheric Soil in Agricultural Systems. In: Tripathi V., Kumar P., Tripathi P., Kishore A. (eds) Microbial Genomics in Sustainable Agroecosystems. Springer, Singapore pp 149-160. ISBN: 978-981-13-8739-5

Linacre L, Durazo R, Camacho-Ibar V, Selph KE, Lara-Lara J.R., Mirabal-Gómez U, Bazán-Guzmán C, Lago-Lestón A, Fernández-Martín EM, Sidón-Ceseña K. (2109) Picoplankton carbon biomass assessments and distribution of Prochlorococcus ecotypes linked to Loop Current Eddies during summer in the southern Gulf of Mexico. Journal of Geophysical Research Oceans,124, 8342–8359 DOI: 10.1029/2019JC015103

Pacheco-Sandoval A., Schramm. Y., Heckel. G., Brassea-Pérez. E., Martínez-Porchas, Lago-Lestón A. (2019). The Pacific harbor seal gut microbiota in Mexico: its relationship with diet and functional inferences.  PLoS ONE 14(8):e0221770. DOI: 10.1371/journal.pone.0221770.

Romero-Olivares A.L. Meléndrez-Carballo G., Lago-Lestón  A. and Treseder K.K. (2019). Soil metatranscriptomes under long-term experimental warming: fungi allocate resources to metabolism rather than decay.  Frontiers in Microbiology, 10: 1914. DOI:10.3389/fmicb.2019.01914

Vargas-Gastélum Ll., Chong-Robles J., Lago-Lestón A., Darcy J.L., Amend A. and Riquelme M. (2109). Targeted ITS1 sequencing unravels the mycodiversity of deep-sea sediments from the Gulf of Mexico. Environmental Microbiology. DOI: 10.1111/1462-2920.14754

Brassea-Pérez E, Schramm Y, Heckel G, Chong-Robles J and Lago-Lestón A. (2019). Metabarcoding analysis of the Pacific harbor seal diet in Mexico. Marine Biology 166: 106. DOI:10.1007/s00227-019-3555-8

Carvajal Millan E., Vargas-Albores F., Gollas-Galvan T., Fierro-Islas M, Magdaleno-Moncayo D, Rascon-Chu, A; Martinez-Porchas M, Lago-Lestón, A.  (2019) Arabinoxylans and gelled arabinoxylans used as anti-obesogenic agents could protect the stability of intestinal microbiota of rats consuming high-fat diets. Journal of Agricultural and Food Chemistry 6:1-10. doi: 10.1080/09637486.2019.1610729.

Juárez O.E.,  López-Galindo L.L., Pérez-Carrasco L., Lago-Lestón A., Rosas C., Di Cosmo A., Galindo-Sánchez C.E. (2019). Octopus maya white body show sex-specific transcriptomic profiles during the reproductive phase, with high differentiation in signaling pathways. Accepted to PloS One (manuscript ID: PONE-D-19-01412)

López-Galindo L.L., Juárez O.E., Larios-Soriano E., Del Vecchio G., Ventura-López C., Lago-Lestón A. and Galindo-Sánchez  C.E. (2019). Transcriptomic analysis reveals insights on male infertility in Octopus maya under chronic thermal stress. Frontiers in Physiology 9:1920. doi: 10.3389/fphys.2018.01920

Vargas-Albores F, Martínez-Córdova LR, Gollas-Galván T, Garibay-Valdez E, Emerenciano MGC, Lago-Leston A, Mazorra-Manzano M, Martínez-Porchas M. (2019). Inferring the functional properties of bacterial communities in shrimp-culture bioflocs produced with amaranth and wheat seeds as fouler promoters.  Aquaculture 500: 107-117. DOI: 10.1016/j.aquaculture.2018.10.005

 

Garibay-Valdez E., Martínez-Córdova L.R., Vargas-Albores F., Gollas-Galván T., Lago-Leston A., Calderón K., Martínez-Porchas M. (2018) Biofilm consumption shapes the intestinal microbiota of shrimp (Penaeus vannamei). Aquaculture Nutrition, 2018:1-9 DOI: 10.1111/anu.12868.

 

Vargas-Albores F., Martínez-Córdova L.R., Martínez-Porchas M., Calderón K. & Lago-Lestón A. (2018) Functional metagenomics: a tool to gain knowledge for agronomic and veterinary sciences. Biotechnology and Genetic Engineering Reviews. DOI: 10.1080/02648725.2018.1513230

Martinez-Cordova LR, Vargas-Albores F, Garibay- Valdez E, Ortiz-Estrada A M, Porchas Cornejo MA, Lago-Lestón A, Martinez-Porchas M. (2018). Amaranth and wheat grains tested as nucleation sites of microbial communities to produce bioflocs used for shrimp culture.  Aquaculture 447: 503-509

Rodrigues GN, Lago-Lestón A, Costa R, Keller-Costa T. 2018. Draft Genome Sequence of Labrenzia sp. Strain EL143, a Coral-Associated Alphaproteobacterium with Versatile Symbiotic Living Capability and Strong Halogen Degradation Potential. Genome Announc. 6(10). pii: e00132-18. doi: 10.1128/genomeA.00132-18.

Silva SG, Lago-Lestón A, Costa R, Keller-Costa T. 2018. Draft Genome Sequence of Sphingorhabdus sp. Strain EL138, a Metabolically Versatile Alphaproteobacterium Isolated from the Gorgonian Coral Eunicella labiata. Genome Announc. 6(9). pii: e00142-18. doi:10.1128/genomeA.00132-18 .

Keller-Costa T, Eriksson D, Gonçalves JMS, Gomes NCM, Lago-Lestón A, Costa R. 2017. The gorgonian coral Eunicella labiata hosts a distinct prokaryotic consortium amenable to cultivation. FEMS Microbiol Ecol. 93(12). doi: 10.1093/femsec/fix143.

Marfil-Santana MD; O'Connor-Sánchez A, Ramírez- Prado JH, De los Santos-Briones C, López-Aguiar LK, Rojas-Herrera R, Lago-Lestón A, Prieto-Davó A. (2016). A computationally simplistic poly-phasic approach to explore microbial communities from a Yucatan aquifer as potential sources of novel natural products. Journal of Microbiology 54(11):774-781

Keller-Costa T , Silva R , Lago-Lestón A, Costa R. (2016). Genomic insights into Aquimarina sp. EL33, a bacterial symbiont of the gorgonian coral Eunicella labiata. Genome Announcement, 4(4): e00855-16

Martins MJF, Lago-Lestón MA, Anjos A, Duarte CM, Agusti S, Serrão E & Pearson GA. (2015). A transcriptome resource for Antarctic krill (Euphausia superba Dana) exposed to starvation and UV-B. Marine Genomics, doi: 10.1016/j.margen.2015.04.008

Pearson GA, Lago-Leston A, Cánovas F, Cox CJ, Verret F, Lasternas S, Duarte CM, Agusti S, Serrão EA. (2015). Metatranscriptomes reveal functional variation in diatom communities from the Antarctic Peninsula. ISME Journal. doi:10.1038/ismej.2015.40

Lago-Lestón MA, Hardoim CCP, Cox C, Pires FR, Goncalves JMS, CJ, Xavier JBT, Costa R. (2013). Tackling the specificity of the marine sponge microbiome: a biogeographical approach. In Microbial diversity 2013: microbial interactions in complex ecosystems, pp 143-146. ISBN: 978-88-908636-5-3

Lago-Leston A, Mota C, Kautsky L, Pearson GA (2010). Functional divergence in heat shock response following rapid speciation of Fucus spp. in the Baltic Sea. Marine Biology, 157 (3): 683-688

Pearson GA, Hoarau G, Lago-Leston A, Coyer JA, Miller NJ, Kube M et al. (2010). A Expressed Sequence Tag (EST) analysis of the intertidal Brown Seaweeds Fucus serratus (L.) and F. vesiculosus (L.) (Heterokontophyta, Phaeophyceae) in response to abiotic stressors. Marine Biotechnology, 12 (2):195-213

Pearson GA, Lago-Leston A, Mota C (2009) Frayed at the edges: selective pressure and adaptive response to abiotic stressors are mismatched in low diversity edge populations. Journal of Ecology. 97 (3): 450-562g Ltd

Lago-Leston A, Ponce E, Muñoz ME (2007). Cloning and expression of hyperglycemic (CHH) and molt inhibiting (MIH) hormones mRNAs from the eyestalk of shrimps of Litopenaeus vannamei grown in different temperature and salinity conditions. Aquaculture 270: 343-357

Varela-Alvarez E, Andreakis N, Lago-Leston A, Pearson GA, Serrao EA, Procaccini G, Duarte CM, Marba N (2006) Genomic DNA isolation in green and brown algae (Caulerpales and Fucales) for microsatellite library construction. J. Phycol 42: 741-745

Pearson G, Lago-Leston A, Valente M and Serrao E (2006) Simple and rapid RNA extraction from freeze-dried tissue of brown algae and seagrasses. Eur J Phycol 41: 97-104

Lago-Leston MA, Serrao EA, Pearson, GA (2005). Comparative gene expression (population- and specie-level) during desiccation stress in an intertidal brown alga. Phycologia 44: 60-60

Fonseca VG, Lago-Leston A, Laize V, Cancela ML (2005) Rapid identification of differentially expressed genes by in situ screening of bacteria. Mol. Biotechnol. 30: 163-166

 

Tesis finalizadas

Sánchez Leyva, I.M. 2019. Estudio de las comunidades microbianas asociadas a ambientes geotermales de la falla Wagner, golfo de California. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 47 pp. .http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/2786

 

Barcelos Santiago, C. 2018. Caracterización de las comunidades microbianas presentes en los sedimentos de Perdido y Coatzacoalcos del Golfo de México mediante análisis metagenómicos. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 77 pp. https://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/2593

Pacheco Sandoval, A.M. 2017. El microbioma intestinal de la foca de puerto (Phoca vitulina richardii) y su relación con la dieta: caracterización mediante secuenciación masiva. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 83 pp. https://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1734

 

Ariza Pérez, F.I. 2017. Análisis metagenómico de los microbiomas asociados a esponjas marinas del Parque Nacional Cabo Pulmo (BCS), dirigido a la búsqueda de genes involucrados en la síntesis de policétidos y péptidos no ribosomales con potencial actividad antimicrobiana. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 104 pp. https://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/2041

Covarrubias Rodríguez, M.B. 2016. Caracterización de las comunidades microbianas en sedimentos del Golfo de México, mediante análisis metagenómicos.Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 83 pp. https://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1337

Tesis en proceso

Cervantes Castillo C. Perfiles taxonómicos y funcionales de la comunidades procariotas de los sedimentos  del Golfo de Cádiz. Tesis de Maestría en Ciencias de la Vida. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada. Fecha tentativa de defensa: agosto 2020.

Castañeda Quesada J. R.  Identificación y distribución de quistes de reposo de Gymnodinium catenatum Graham en sedimentos superficiales de la parte norte del Golfo de California. Tesis de Doctorado en Ecología Marina. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada. En co-dirección con el Dr. Ernesto García (CICESE). Fecha tentativa de defensa: agosto 2021.

Pacheco Sandoval, A.M. La filogenia, la edad y el ciclo de vida: Factores que moldean la composición de la microbiota intestinal en la foca de puerto (Phoca vitulina richardii). Tesis de Doctorado en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada. En co-dirección con la Dra. Yolanda Schramm (UABC). Fecha tentativa de defensa: marzo 2022.

 

Sidón Ceseña, K.  Diversidad y función del fitoplancton en la zona eufótica del Golfo de México a partir de análisis metagenómico y metatranscriptómico. Tesis de Doctorado en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada. Fecha tentativa de defensa: agosto 2022.

Osorio Pando, Lizt S. S. Estructura y función de los procariontes en las aguas profundas del Golfo de México. Tesis de Doctorado en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada. Fecha tentativa de defensa: marzo 2023.

 

Metagenomics@CICESE

Lago-Lestón Lab